O PPGH iniciou suas atividades com o Curso de Mestrado em História, autorizado pela CAPES através do Parecer APCN 1836, de 15/09/2005. A elaboração da proposta teve como lastro o Curso de Graduação de História (autorizado pelo Parecer do CEE nº 101/1980 e pelo Decreto Federal nº 85.056/1980), iniciando em 1980 o investimento institucional na qualificação do corpo docente e na verticalização. As parcerias interinstitucionais também foram de suma importância, destacando-se a implantação do Programa Interinstitucional UFF/Unioeste, pelo qual a Universidade Federal Fluminense ofereceu um Curso de Pós-Graduação em História Social, em nível de Mestrado e Doutorado. O Programa iniciou suas atividades em julho de 2000, aprovando, na primeira seleção, 16 alunos para o mestrado e 09 para o doutorado. Em março de 2001, ingressaram mais 11 alunos, aprovados na segunda seleção, feita exclusivamente para o Mestrado. O total de alunos incorporados ao Programa Interinstitucional UFF/Unioeste foi de 36 (trinta e seis), tendo sido titulados 27 mestres e 07 doutores, dos quais 03 eram docentes da Unioeste e integram atualmente o corpo docente do PPGH, composto por um total 18 docentes (dados de abril de 2019).
Em 2008, foram titulados os primeiros mestres do PPGH. Até dezembro de 2019, foram realizadas 153 defesas de dissertação de Mestrado. Por sua vez, em dezembro de 2014 foi autorizado o Curso de Doutorado em História por parte da CAPES. As atividades do Curso iniciaram-se no segundo semestre de 2015 e o Programa, desde então, já formou 07 doutores.